21 сентября 1950 года Совет Министров СССР издал распоряжение № 15192/ Р, которым разрешил Министерству высшего образования организовать в г. Пензе на базе лесотехнического техникума Пензенский сельскохозяйственных институт.
Директором института был назначен Кирилл Федорович Виденин, наш земляк (уроженец Бессоновского района), кандидат сельскохозяйственных наук, руководивший до этого Полтавским сельскохозяйственным институтом и имевший большой опыт организаторской и педагогической работы.
Институту был передан трехэтажный учебный корпус техникума, постройки 1928 года с центральным отоплением, общежития и жилые помещения для преподавательского состава.
В 1955 году к руководству институтом приглашен Григорий Владимирович Гуляев, работавший до этого директором Петровской селекционно-опытной станций. Участник Великой Отечественной войны, имевший большой производственный опыт, Г.В. Гуляев много сделал для развития вуза, повышения качества подготовки специалистов. Он добивался передачи институту учебного корпуса школы по подготовке председателей колхозов, расположенного в поселке Ахуны. В этот корпус были переведены кафедры факультета механизации сельского хозяйства и зоотехнического.
В период с 1965-1968 гг. руководство вузом осуществлял кандидат экономических наук, доцент Федор Андреевич Жарков. Ф.А. Жарков много внимания уделял вопросам жилищного строительства. Под его руководством начато строительство жилых домов для преподавателей, общежитий для студентов. Требовалось приложить немало усилий, чтобы включить в план строительства новые объекты. Проявив настойчивость, Ф.А. Жарков успешно решил эту проблему, что позволило значительно улучшить быт преподавателей и студентов.
В 1969 году на должность ректора назначен кандидат технических наук Николай Мусеевич Ибрагимов. Н.М. Ибрагимов наряду с педагогической и научной деятельностью уделяет большое внимание развитию вуза. Организовано строительство учебных корпусов факультета механизации сельского хозяйства (сдан в эксплуатацию в 1970 году), столовой, проведена центральная канализация до городского коллектора, начато сооружение студенческого профилактория.
В 70-е годы в области активно строились крупные животноводческие комплексы. Ученые вуза активно вели исследования по организации животноводства на промышленной основе. Их рекомендации внедрялись в производство. Опыт животноводов обобщен учеными вуза в книге «Пензенские животноводческие комплексы», изданной в издательстве «Колос» в 1973 году. На базе учебно-опытного хозяйства был проведен Всесоюзный семинар по созданию и использованию долголетних культурных пастбищ.
Институт получил возможность значительно обновить материальную базу для научных работ и учебного процесса. Было приобретено пять комплексных исследовательских лабораторий (иностранного производства), две диагностических и две передвижных агрохимических лаборатории, созданы и укомплектованы агрохимическая и зоотехническая лаборатории. Многие штатные сотрудники научного сектора позднее на этой базе подготовили и защитили кандидатские диссертации и пополнили ряды преподавательского состава.
В 1973 году Н.М. Ибрагимов был направлен на работу в ГДР советником посольства СССР по сельскому хозяйству, а ректором института назначили кандидата сельскохозяйственных наук, профессора Геннадия Борисовича Гальдина. В этой должности он проработал 20 лет. С этим именем связано немало хороших страниц в жизни коллектива. В этот период создаются новые кафедры, они оснащаются новым лабораторным оборудованием, современными приборами, создается научно-исследовательский сектор и лаборатории. Расширяется прием студентов и в аспирантуру. Открывается экономический факультет, ставший одним из престижных для молодежи Пензенской области. Создание научно-исследовательского сектора и лабораторий позволило расширить работы по внедрению научных достижений в практику сельскохозяйственного производства. На этот период приходится расцвет развития творчества студенческой молодежи. Создается факультет общественных профессий (ФОП).
Заметным вкладом в материальную базу института стало строительство и ввод в эксплуатацию пяти- и девятиэтажного жилых домов, спортивного комплекса, студенческого профилактория и общежития, котельной, в то же время проведена газификация студенческого городка. Расширяется главный учебный корпус. Закладывается дендропарк на площади более 9 га, устраивается коллекционный питомник и две теплицы.
В центре внимания Г.Б. Гальдина находилась деятельность учебно-опытного хозяйства. В эти годы осуществлялось большое строительство в селе Рамзай. Строительство производственных помещений, увеличение поголовья скота, применение рациональных приемов в растениеводстве, позволили учхозу стать одним из передовых хозяйств Пензенской области, занять достойное место среди учебных хозяйств сельскохозяйственных вузов страны.
В 1994 году в связи с болезнью Г.Б. Гальдин оставил пост ректора института. На эту должность коллектив единогласно избрал доктора химических наук А.Ф. Блинохватова.
А.Ф. Блинохватов определил перспективные направления развития вуза в переходный период к рыночной экономике. Он придавал особое значение повышению квалификации преподавателей, подготовке кадров с учетом изменений, происходящих на селе, творческим связям науки и производства. Работа в этом направлении дала ожидаемые результаты. За годы его руководства вузом число докторов наук, профессоров в институте увеличилось в четыре раза, число кандидатов наук, доцентов с 100 до 150 человек. Росту научных кадров в вузе способствовало открытие двух диссертационных советов по защите докторских и кандидатских диссертаций: по агрономическим (1999 г.) и инженерным специальностям (2001 г.).
В 1995 году началась подготовка специалистов по новым специальностям: агроэкология, технология сельскохозяйственного производства, механизация переработки сельскохозяйственной продукции. Проделанная коллективом вуза работа позволила изменить статус учебного заведения. 16 ноября 1995 года сельскохозяйственный институт преобразован в сельскохозяйственную академию. В последующие годы открываются новые специальности: с 1997 года началась подготовка специалистов по специальности «Автомобили и автомобильное хозяйство», в 2000 году открыли специальность «Финансы и кредит». Созданы новые кафедры: «Анализ и аудит», «Финансы», «Предпринимательство и право», «Переработка продукции животноводства», «Тракторы, автомобили и теплоэнергетика».
В 2004 году в расцвете творческих сил трагически ушел из жизни А.Ф. Блинохватов, крупный ученый, химик, синтезировавший более 240 химических соединений, замечательный организатор науки и образования.
Начатые и незавершенные проекты и задачи, стоящие перед академией, легли на плечи вновь избранного в 2004 году ректора, доктора экономических наук, профессора Владимира Дмитриевича Коротнева. В период работы Владимира Дмитриевича увеличилось количество и улучшилось качество вузовского книгоиздания, в т. ч. с грифами Министерства сельского хозяйства Российской Федерации и соответствующих учебно-методических объединений. В 2006 году открыт новый учебный корпус, который связал все корпуса академии теплыми переходами, академия получила право ведения образовательной деятельности по двум новым для вуза образовательным программам высшего профессионального образования: «Землеустройство» и «Лесное хозяйство».
В марте 2013 года на должность ректора был избран депутат Пензенской городской Думы, кандидат технических наук Виктор Николаевич Кувайцев. Перед Виктором Николаевичем стояла сложная задача – сохранить контингент учащихся. В период с 2006 года по 2012 год количество студентов в вузе снизилось на 50 %. Благодаря активной профориентационной работе и работе с сельхозтоваропроизводителями-работодателями набор студентов в 2013 году был выполнен на 100 % по всем направлениям подготовки.
За время работы Виктора Николаевича активизировалась работа по заключению и выполнению хозяйственных договоров. В сентябре 2014 года Виктор Николаевич Кувайцев был избран на пост Главы города Пензы.
В апреле 2015 года на должность ректора избран Олег Николаевич Кухарев. За последние несколько лет в вузе были открыты новые специальности и направления подготовки на экономическом и технологическом факультетах. Совместно с крупными агропромышленными предприятиями открыты новые современные учебные аудитории.
В рамках исполнения Постановления Правительства Российской Федерации по модернизации материально-технической базы инженерных факультетов в июле 2016 был приобретен комбайн ACROS – 585, с помощью которого успешно осуществлялась работа в учебно-производственном центре академии.
1 декабря 2016 года накануне 65-летнего юбилея академии Министр сельского хозяйства Российской Федерации Александр Николаевич Ткачев подписал приказ №536 "О переименовании ФГБОУ ВО Пензенская ГСХА" и присвоении вузу статуса «государственный аграрный университет».
История университета неразрывно связана с развитием агропромышленного комплекса Пензенской области, с развитием научных исследований, высшего профессионального образования. Достижения университета стали возможны благодаря постоянной поддержке со стороны Министерства сельского хозяйства Российской Федерации, руководства Пензенской области.
Коллектив видит свою задачу в дальнейшем совершенствовании подготовки творческих, профессиональных специалистов для агропромышленного комплекса и их успешной работы, укреплении связи науки с производством.